| 28. Ronde | 02.03.2013 | SV Wehen Wiesbaden | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 29. Ronde | 09.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:2 | ||||
| 21. Ronde | 23.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 2:0 | ||||
| 27. Ronde | 26.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:0 |  |
|||
| 32. Ronde | 06.04.2013 | Hallescher FC | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 33. Ronde | 13.04.2013 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 1:4 | ||||
| 34. Ronde | 20.04.2013 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 35. Ronde | 27.04.2013 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 | ||||
| 36. Ronde | 04.05.2013 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 37. Ronde | 11.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:4 | ||||
| 38. Ronde | 18.05.2013 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 1:0 |
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