| 18. Ronde | 31.01.2004 | Alemannia Aachen | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 19. Ronde | 06.02.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 20. Ronde | 13.02.2004 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 3:0 |  |
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| 21. Ronde | 22.02.2004 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:0 | ||||
| 23. Ronde | 05.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 0:0 | ||||
| 22. Ronde | 17.03.2004 | LR Ahlen | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 25. Ronde | 21.03.2004 | 1. FSV Mainz 05 | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 26. Ronde | 26.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Energie Cottbus | 1:1 |  |
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| 27. Ronde | 04.04.2004 | Erzgebirge Aue | - | Wacker Burghausen | 3:0 | |
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| 28. Ronde | 11.04.2004 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 | ||||
| 29. Ronde | 18.04.2004 | MSV Duisburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 30. Ronde | 23.04.2004 | Wacker Burghausen | - | VfB Lübeck | 2:1 | ||||
| 31. Ronde | 02.05.2004 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Ronde | 07.05.2004 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 33. Ronde | 16.05.2004 | Eintracht Trier | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 34. Ronde | 23.05.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 |
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