| 1. Ronde | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 2. Ronde | 29.07.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 3. Ronde | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 | ||||
| 4. Ronde | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |  |
|||
| 5. Ronde | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 6. Ronde | 29.08.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 13. Ronde | 17.10.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | |
|||
| 14. Ronde | 25.10.2009 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 16. Ronde | 07.11.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Dynamo Dresden | 0:4 | ||||
| 17. Ronde | 21.11.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | |
|||
| 18. Ronde | 28.11.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 19. Ronde | 04.12.2009 | VfB Stuttgart II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
|||
| 20. Ronde | 11.12.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
|||
| 21. Ronde | 23.01.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 0:1 | |
|||
| 30. Ronde | 28.03.2010 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 31. Ronde | 31.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 0:0 |
Duitsland