| 2. Ronde | 29.07.2009 | Holstein Kiel | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 3. Ronde | 08.08.2009 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 0:0 |  |
|||
| 4. Ronde | 15.08.2009 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 5. Ronde | 22.08.2009 | Werder Bremen II | - | Wacker Burghausen | 3:4 | ||||
| 6. Ronde | 30.08.2009 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 1:0 | ||||
| 7. Ronde | 02.09.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Wacker Burghausen | 6:0 | ||||
| 9. Ronde | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 11. Ronde | 26.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wacker Burghausen | 6:1 | ||||
| 12. Ronde | 03.10.2009 | Wacker Burghausen | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 13. Ronde | 18.10.2009 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 18. Ronde | 28.11.2009 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:3 | ||||
| 19. Ronde | 05.12.2009 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 20. Ronde | 12.12.2009 | Borussia Dortmund II | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 21. Ronde | 10.02.2010 | Wacker Burghausen | - | Holstein Kiel | 0:3 | |
|||
| 25. Ronde | 20.02.2010 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 3:0 | |
|||
| 24. Ronde | 24.03.2010 | Wacker Burghausen | - | Werder Bremen II | 1:1 |
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