| 1. Ronde | 13.08.2006 | Erzgebirge Aue | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 | ||||
| 4. Ronde | 15.09.2006 | SpVgg Unterhaching | - | FC Augsburg | 0:1 | ||||
| 7. Ronde | 15.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 0:2 | ||||
| 8. Ronde | 20.10.2006 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 9. Ronde | 29.10.2006 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 | ||||
| 10. Ronde | 03.11.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 11. Ronde | 07.11.2006 | Eintracht Braunschweig | - | SpVgg Unterhaching | 2:3 |  |
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| 12. Ronde | 12.11.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 | ||||
| 13. Ronde | 19.11.2006 | TuS Koblenz | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 | ||||
| 14. Ronde | 26.11.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Karlsruher SC | 0:1 | ||||
| 15. Ronde | 03.12.2006 | SpVgg Unterhaching | - | TSV 1860 München | 5:1 | ||||
| 16. Ronde | 10.12.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 | ||||
| 17. Ronde | 15.12.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Hansa Rostock | 0:0 |
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