| 1. Ronde | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 3. Ronde | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 |  |
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| 4. Ronde | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 5. Ronde | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 6. Ronde | 29.08.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 7. Ronde | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Ronde | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 9. Ronde | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 11. Ronde | 26.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 13. Ronde | 17.10.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 14. Ronde | 25.10.2009 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 15. Ronde | 31.10.2009 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 16. Ronde | 07.11.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Dynamo Dresden | 0:4 | ||||
| 17. Ronde | 21.11.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 21. Ronde | 23.01.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 0:1 |
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