| 18. Ronde | 13.02.2000 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 22. Ronde | 10.03.2000 | Bor. Mönchengladbach | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 23. Ronde | 17.03.2000 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | ||||
| 24. Ronde | 24.03.2000 | Kickers Offenbach | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 26. Ronde | 07.04.2000 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 27. Ronde | 14.04.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 28. Ronde | 24.04.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 |  |
|||
| 29. Ronde | 28.04.2000 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:2 | ||||
| 30. Ronde | 05.05.2000 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 31. Ronde | 12.05.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 32. Ronde | 18.05.2000 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 33. Ronde | 21.05.2000 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 6:3 | |
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| 34. Ronde | 26.05.2000 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:1 |
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