| 1. Ronde | 03.08.2012 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 2. Ronde | 11.08.2012 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 |  |
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| 3. Ronde | 25.08.2012 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 4. Ronde | 01.09.2012 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 5. Ronde | 17.09.2012 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 6. Ronde | 21.09.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 7. Ronde | 25.09.2012 | FC St. Pauli | - | VfR Aalen | 0:1 | ||||
| 8. Ronde | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 |  |
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| 9. Ronde | 05.10.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | |
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| 12. Ronde | 03.11.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 14. Ronde | 19.11.2012 | Hertha BSC | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 15. Ronde | 25.11.2012 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:1 | ||||
| 19. Ronde | 15.12.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 20. Ronde | 03.02.2013 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 21. Ronde | 10.02.2013 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 22. Ronde | 18.02.2013 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 0:1 |  |
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| 27. Ronde | 01.04.2013 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:2 | ||||
| 28. Ronde | 06.04.2013 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:2 | |
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