| 1. Ronde | 11.08.2006 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
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| 2. Ronde | 18.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 |  |
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| 3. Ronde | 25.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln | 3:2 | ||||
| 4. Ronde | 15.09.2006 | Rot-Weiss Essen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:4 | |
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| 5. Ronde | 24.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 6. Ronde | 01.10.2006 | TSV 1860 München | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 7. Ronde | 15.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 0:2 | ||||
| 8. Ronde | 20.10.2006 | Karlsruher SC | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:1 | ||||
| 9. Ronde | 27.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | TuS Koblenz | 2:0 | ||||
| 10. Ronde | 03.11.2006 | Hansa Rostock | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 11. Ronde | 08.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 12. Ronde | 12.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:1 | ||||
| 13. Ronde | 17.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Freiburg | 2:1 | |
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| 14. Ronde | 24.11.2006 | MSV Duisburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:0 | ||||
| 15. Ronde | 03.12.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:2 | |
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